Sekolah Tinggi Agama Islam (STAI) Muhammadiyah Probolinggo awalnya bernama Sekolah Tinggi Ilmu Tarbiyah (STIT) Muhammadiyah Probolinggo. STIT Muhammadiyah Probolinggo berdiri pada tanggal 6 September 1986.

Mendapatkan ijin operasional dari Kopertais Wil. IV melalui SK No. 05/II/Kop.Wil.IV/1988 tanggal 28 April 1988. Status legalitas kelembagaan selanjutnya, status terdaftar melalui SK Menteri Agama RI Nomor 76 tahun 1990.

Berdasarkan SK Menteri Agama Nomor: 257 tahun 1995 tanggal 17 Juni 1995 berubah status menjadi Sekolah Tinggi Agama Islam Muhammadiyah Probolinggo yang memiliki dua program studi, yaitu Prodi Pendidikan Agama Islam dan Prodi Ahwal Syakhsyiyah/Hukum Islam).

Alhamdulillah saat ini kedua prodi tersebut telah terakreditasi oleh Badan Akreditasi Nasional Perguruan Tinggi (BAN PT). Untuk prodi Pendidikan Agama Islam Terkareditasi dari BAN PTdengan SK No. 025/BAN-PT/Ak-XIV/IX/2011, sedangkan untuk prodi Ahwal Syakhsyiyyah dengan nomor : 64/SK/BAN-PT/Ak-XVI/S/VIII/2013. Dalam perkembangannya pada tahun 2015 STAI Muhammadiyah telah terakreditasi secara institusi dengan Nomor 544/SK/ BAN-PT/Akred/PT/VI/2015.